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Die Portierung erforderte die Änderung einiger Codezeilen von mehreren zehntausend mit einem geschätzten Programmieraufwand von wenigen Tagen.

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Durch die Nutzung dieser Funktionen war es möglich, das parallele Verhalten von Werkzeugen über den handoptimierten Code ihrer Originalversionen hinaus zu optimieren. Zum Beispiel im Fall von Bowtie2, bei dem es sich um eine speichergebundene Anwendung handelt; Die Schlüsseloptimierung besteht in der Verbesserung der Lokalität der Speicherzugriffe und der Nutzung der gemeinsam genutzten Speicherbandbreite.

In Bezug auf den Programmieraufwand besteht dies nur darin, bwa single end Master-Worker-Muster so zu konfigurieren, dass eine speicheraffine Aufgabenplanung übernommen wird.

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Der erste Schritt vor einer Ausrichtung besteht darin, das Referenzgenom zu erstellen und zu laden. Die verwendeten Techniken sind Hashtabellen und Burrows-Wheeler transform [4].

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Schlüssel werden durch Bwa single end erstellt und Werte sind Listen von Positionen, in denen Untersequenzen gefunden werden können. Ferragina und Manzini haben es mit der Implementierung des FM-Index [7, 8] verbessert, einer opportunistischen Datenstruktur für textkomprimierung, die schnelle Substring-Abfragen ermöglicht.

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Bowtie2 richtet längere Lese- und Lesemodi aus und unterstützt Gapped- lokale und gekoppelte Ausrichtungsmodi. Weitere Details zu Bowtie2 sind in Abschnitt 3.

Die Kombination dieser beiden Algorithmen ermöglicht die Erstellung eines komprimierten Genoms, das vollständig im Speicher geladen werden kann. Diese Technik hat die Einschränkung einer niedrigeren Empfindlichkeit in Bezug auf hash-basierte Indizierung und einer Reduzierung der maximal zulässigen Inkongruenzen z.

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Bowtie2 erlaubt nur bis zu einem Missverhältnishat aber den Vorteil, die Ausrichtung schneller zu machen. Posted on.

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